Większa część biegu Dunajca i jego dopływów zlokalizowana jest na terenie Karpat Zachodnich, które charakteryzuje równoleżnikowy przebieg struktur geologicznych, a tym samym zróżnicowanie krajobrazu w przekroju południkowym.

Układ sieci rzecznej na terenie Karpat jest najstarszym układem w Polsce, jego główne zarysy powstały bowiem już w pliocenie (trzeciorzęd) i nie uległy zmianie aż do czasów współczesnych. Biegi rzek karpackich są na ogół konsekwentne, tzn. zgodne z ogólnym nachyleniem terenu z południa na północ. Płynące na północ rzeki musza więc przedzierać się wielokrotnie przez południkowe ułożone pasma górskie, tworząc charakterystyczne przełomy. Na skutek tych przełomów rzeki wielokrotnie zmieniają lokalny kierunek swego biegu. Koryta Czarnego i Białego Dunajca oraz Białki Tatrzańskiej w całości znajdują się w Tatrach oraz na Podhalu. Dunajec w swym dalszym biegu przepływa przez Pieniny oraz Beskidy i Pogórze Karpackie, a Poprad przez Beskidy. Na wstępie przedstawię więc ogólna charakterystykę wymienionych regionów górskich. Tatry są najwyższą grupa górską w całych Karpatach, a ich pasmo ciągnie się na pograniczu Polski i Słowacji na długości 80 km . Wznoszą się na kształt wielkiej, skalistej wyspy o powierzchni 715 km2 (w Polsce 162 km), otoczonej ze wszystkich stron głębokimi obniżeniami: Kotliną Orawsko-Podhalańską na zachodzie i północy oraz Kotliną Liptowsko-Spiską na południu i wschodzie. Łańcuch tatrzański ma kształt dwóch lekko wygiętych ku południowi łuków i dzieli się na Tatry Zachodnie, Wysokie i Bielskie. Tatry są młodymi górami fałdowymi, powstałymi w wyniku orogenezy alpejskiej około 300 min lat temu.